Một khoản thanh toán đã được chuyển nhưng không rõ ai phê duyệt; hàng tồn kho chênh lệch nhưng không xác định được trách nhiệm; số liệu trên báo cáo tài chính sai nhưng mỗi bộ phận lại cho rằng lỗi thuộc về nơi khác. Đây là những tình huống thường xảy ra khi doanh nghiệp có quy trình kế toán nhưng chưa phân định rõ quyền hạn và trách nhiệm kiểm soát.
Từ năm tài chính 2026, vấn đề này càng cần được xử lý khi Thông tư 99/2025/TT-BTC yêu cầu doanh nghiệp tự xây dựng quy chế quản trị nội bộ hoặc tài liệu tương đương, đồng thời tổ chức kiểm soát các giao dịch kinh tế phát sinh.
Vậy quy chế quản trị nội bộ và kiểm soát nội bộ theo Thông tư 99 cần có những nội dung nào, phân quyền ra sao và triển khai thế nào để không chỉ đúng quy định mà còn áp dụng được trong thực tế? Bài viết dưới đây sẽ hướng dẫn doanh nghiệp từng bước cụ thể.
Quy chế quản trị nội bộ và kiểm soát nội bộ theo Thông tư 99 có bắt buộc không?
Theo khoản 2 Điều 3 Thông tư 99/2025/TT-BTC, doanh nghiệp có trách nhiệm tự xây dựng quy chế quản trị nội bộ hoặc tài liệu tương đương và tổ chức kiểm soát nội bộ. Mục đích là phân định rõ quyền, nghĩa vụ và trách nhiệm của các bộ phận, cá nhân liên quan đến việc tạo lập, thực hiện, quản lý và kiểm soát giao dịch kinh tế.
Thông tư được ban hành ngày 27/10/2025, có hiệu lực từ ngày 01/01/2026 và áp dụng cho năm tài chính bắt đầu từ hoặc sau ngày này. Đây là điểm mới cần được doanh nghiệp đưa vào kế hoạch áp dụng Thông tư 99/2025/TT-BTC.
Cần hiểu đúng rằng Thông tư 99 không bắt buộc mọi doanh nghiệp phải dùng chung một mẫu quy chế. Doanh nghiệp có thể ban hành một văn bản riêng hoặc sử dụng hệ thống tài liệu tương đương như:
- Quy chế tài chính;
- Quy trình mua hàng và thanh toán;
- Quy trình bán hàng và thu tiền;
- Quy định quản lý tiền, kho và tài sản;
- Ma trận phân quyền phê duyệt;
- Quy trình khóa sổ, lập và soát xét báo cáo tài chính;
- Quy định phân quyền, sao lưu và bảo mật dữ liệu kế toán.
Dù tổ chức dưới hình thức nào, các tài liệu phải liên kết với nhau và đủ khả năng chứng minh rằng doanh nghiệp đã phân công trách nhiệm và thực hiện kiểm soát trên thực tế.
Quy chế quản trị nội bộ khác gì kiểm soát nội bộ?
Hai khái niệm có liên quan chặt chẽ nhưng không hoàn toàn giống nhau.
Quy chế quản trị nội bộ là hệ thống nguyên tắc bằng văn bản, quy định cơ cấu trách nhiệm, thẩm quyền và cách phối hợp giữa các bộ phận. Trong khi đó, kiểm soát nội bộ là việc tổ chức thực hiện các cơ chế, chính sách và quy trình nhằm phòng ngừa, phát hiện, xử lý rủi ro.
Theo Điều 39 Luật Kế toán 2015, hệ thống kiểm soát nội bộ phải góp phần bảo đảm:
- Tài sản được bảo vệ, không bị sử dụng sai mục đích hoặc kém hiệu quả;
- Nghiệp vụ được phê duyệt đúng thẩm quyền;
- Giao dịch được ghi chép đầy đủ;
- Báo cáo tài chính được lập và trình bày trung thực, hợp lý.
Như vậy, quy chế là nền tảng bằng văn bản, còn kiểm soát nội bộ là hoạt động phải diễn ra hằng ngày. Doanh nghiệp có một bộ quy chế rất dày nhưng không thực hiện đối chiếu, không lưu bằng chứng phê duyệt hoặc dùng chung tài khoản phần mềm vẫn chưa đạt được mục tiêu kiểm soát.
Cũng cần phân biệt kiểm soát nội bộ với kiểm toán nội bộ. Không phải cứ xây dựng quy chế quản trị nội bộ và kiểm soát nội bộ theo Thông tư 99 là doanh nghiệp phải thành lập ngay bộ phận kiểm toán nội bộ. Phạm vi doanh nghiệp phải thực hiện kiểm toán nội bộ còn được xác định theo quy định riêng.
Quy chế cần kiểm soát những chu trình kế toán nào?
Thay vì soạn quy chế theo các câu chữ chung chung, doanh nghiệp nên bắt đầu từ những chu trình có rủi ro trực tiếp đến tiền, tài sản, doanh thu, chi phí và nghĩa vụ thuế.
1.Chu trình mua hàng và thanh toán
Quy chế cần xác định người đề nghị mua, người chọn nhà cung cấp, người nghiệm thu, người kiểm tra hóa đơn và cấp có thẩm quyền duyệt thanh toán.
Một người không nên tự thực hiện toàn bộ quá trình từ đặt hàng, nhận hàng đến lập lệnh chi. Với giao dịch có giá trị lớn hoặc bất thường, doanh nghiệp nên quy định thêm yêu cầu báo giá, hợp đồng, biên bản nghiệm thu và hạn mức phê duyệt.
2.Chu trình bán hàng và thu tiền
Doanh nghiệp cần kiểm soát việc phê duyệt giá bán, chính sách chiết khấu, hạn mức công nợ, thời điểm giao hàng, lập hóa đơn và ghi nhận doanh thu.
Bộ phận bán hàng không nên tự ý thay đổi giá hoặc kéo dài thời hạn thanh toán nếu chưa được người có thẩm quyền chấp thuận. Kế toán phải đối chiếu định kỳ giữa hợp đồng, phiếu xuất kho, hóa đơn, công nợ và tiền thực nhận.
3.Tiền mặt và tiền gửi ngân hàng
Quy chế phải phân định rõ người lập phiếu, người duyệt, thủ quỹ, người thực hiện giao dịch ngân hàng và người ghi sổ. Hạn mức chi tiền mặt, tạm ứng, hoàn ứng và thời hạn nộp chứng từ cũng cần được quy định cụ thể.
Doanh nghiệp nên kiểm kê quỹ, đối chiếu sổ phụ và kiểm tra các khoản chuyển tiền chưa rõ nội dung theo lịch cố định, thay vì chờ đến cuối năm mới xử lý.
4.Hàng tồn kho và tài sản cố định
Đối với kho, cần kiểm soát từ nhập, xuất, điều chuyển, kiểm kê đến xử lý chênh lệch. Người giữ kho không nên đồng thời là người duy nhất ghi nhận và xác nhận số lượng hàng tồn.
Đối với tài sản cố định, quy chế cần làm rõ việc nghiệm thu, bàn giao sử dụng, theo dõi bộ phận sử dụng, trích khấu hao, sửa chữa và thanh lý.
T5.iền lương và bảo hiểm xã hội
Các dữ liệu về chấm công, làm thêm giờ, mức lương, phụ cấp, khấu trừ và tài khoản nhận lương phải được kiểm tra trước khi thanh toán. Mọi thay đổi về lương hoặc nhân sự cần có hồ sơ phê duyệt và được cập nhật đồng bộ giữa bộ phận nhân sự với kế toán.
6.Khóa sổ và lập báo cáo tài chính
Quy chế quản trị nội bộ và kiểm soát nội bộ theo Thông tư 99 cần quy định lịch khóa sổ theo tháng, quý và năm; người thực hiện từng đối chiếu; thời hạn xử lý chênh lệch và cấp phê duyệt báo cáo.
Trước khi lập báo cáo, doanh nghiệp nên hoàn thành việc rà soát sổ sách kế toán, đối chiếu công nợ, ngân hàng, kho, tài sản, thuế và các khoản nội bộ.
Khung nội dung doanh nghiệp có thể áp dụng
Thông tư 99 không ban hành một mẫu quy chế chung. Tuy nhiên, để tài liệu có thể sử dụng trong thực tế, doanh nghiệp nên xây dựng tối thiểu các nhóm nội dung sau:
| Nhóm nội dung | Vấn đề cần quy định |
| Phạm vi áp dụng | Bộ phận, chi nhánh, giao dịch và dữ liệu thuộc phạm vi kiểm soát |
| Cơ cấu trách nhiệm | Người đề nghị, kiểm tra, phê duyệt, thực hiện, ghi sổ và đối chiếu |
| Phân cấp phê duyệt | Hạn mức theo loại giao dịch, giá trị và cấp quản lý |
| Luồng chứng từ | Cách lập, kiểm tra, ký, luân chuyển, điều chỉnh và lưu trữ |
| Kiểm soát tài sản | Tiền, hàng tồn kho, tài sản cố định, công nợ và tạm ứng |
| Kiểm soát kế toán | Ghi sổ, đối chiếu, khóa sổ, lập và phê duyệt báo cáo |
| Kiểm soát dữ liệu | Tài khoản truy cập, quyền sửa/xóa, nhật ký thao tác và sao lưu |
| Xử lý sai sót | Cách báo cáo, điều chỉnh, xác định trách nhiệm và khắc phục |
| Đánh giá định kỳ | Tần suất kiểm tra, người thực hiện và cơ chế cập nhật quy chế |
Doanh nghiệp nên ban hành kèm ma trận phân quyền, sơ đồ luân chuyển chứng từ và checklist kiểm tra. Đây là những tài liệu giúp chuyển quy định trên giấy thành thao tác cụ thể.
Cách xây dựng quy chế sát với hoạt động thực tế
Bước 1: Rà soát quy trình đang vận hành
Doanh nghiệp cần ghi nhận đúng cách từng nghiệp vụ hiện được xử lý: ai lập hồ sơ, ai giữ tài sản, ai duyệt và ai nhập số liệu. Qua đó có thể phát hiện các điểm giao việc bằng miệng, dùng chung tài khoản hoặc một người kiêm quá nhiều khâu.
Bước 2: Nhận diện rủi ro theo từng chu trình
Mỗi chu trình cần chỉ ra rủi ro có thể xảy ra và biện pháp tương ứng. Ví dụ, rủi ro thanh toán trùng hóa đơn có thể được kiểm soát bằng mã hồ sơ thanh toán, bước kiểm tra chứng từ và cảnh báo trên phần mềm.
Bước 3: Lập ma trận phân quyền
Ma trận nên thể hiện ít nhất năm vai trò: đề nghị – kiểm tra – phê duyệt – thực hiện – đối chiếu. Với doanh nghiệp nhỏ không đủ người để tách toàn bộ nhiệm vụ, có thể bổ sung kiểm soát bù trừ như chủ doanh nghiệp kiểm tra sao kê, kiểm kê đột xuất hoặc phê duyệt báo cáo ngoại lệ.
Bước 4: Soạn quy chế và biểu mẫu kèm theo
Nội dung phải thống nhất với điều lệ công ty, quy chế tài chính, mô tả công việc và quyền hạn đã thiết lập trên phần mềm. Trường hợp doanh nghiệp tự sửa đổi chứng từ, tài khoản, sổ kế toán hoặc bổ sung chỉ tiêu báo cáo tài chính, cần xem xét đồng thời yêu cầu ban hành quy chế hạch toán kế toán theo Thông tư 99.
Bước 5: Chạy thử và lưu bằng chứng kiểm soát
Sau khi ban hành, doanh nghiệp nên chạy thử trên một số chu trình quan trọng. Bằng chứng cần lưu gồm chữ ký phê duyệt, nhật ký hệ thống, biên bản đối chiếu, checklist khóa sổ và hồ sơ thay đổi quyền truy cập.
Quy trình triển khai theo hướng rà soát hiện trạng, xác định rủi ro, thiết kế luồng mới, ban hành và đánh giá định kỳ.
HC247 hỗ trợ doanh nghiệp triển khai như thế nào?
Việc xây dựng quy chế quản trị nội bộ và kiểm soát nội bộ theo Thông tư 99 cần được thực hiện dựa trên quy mô, ngành nghề, số lượng nhân sự và phần mềm doanh nghiệp đang sử dụng.
HC247 hỗ trợ doanh nghiệp:
- Khảo sát quy trình chứng từ, kế toán và phê duyệt hiện hành;
- Rà soát các điểm chồng chéo hoặc thiếu kiểm soát;
- Xây dựng ma trận trách nhiệm và hạn mức phê duyệt;
- Chuẩn hóa luồng chứng từ, đối chiếu và khóa sổ;
- Kiểm tra phân quyền, lưu trữ và bảo mật dữ liệu;
- Đồng bộ quy chế với hệ thống tài khoản, sổ và báo cáo tài chính;
- Hướng dẫn bộ phận liên quan thực hiện và lưu bằng chứng kiểm soát.
Doanh nghiệp chưa có bộ phận kế toán hoàn chỉnh có thể tham khảo dịch vụ kế toán doanh nghiệp hoặc dịch vụ kế toán trưởng để được hỗ trợ rà soát và tổ chức hệ thống phù hợp.
Quy chế chỉ thực sự có giá trị khi mỗi giao dịch đều xác định được người chịu trách nhiệm, cấp phê duyệt và bằng chứng đã kiểm tra. HC247 đồng hành cùng doanh nghiệp từ khâu khảo sát, xây dựng tài liệu đến hướng dẫn vận hành, giúp hệ thống kế toán minh bạch, dễ kiểm tra và phù hợp với yêu cầu của Thông tư 99.
Quy chế quản trị nội bộ và kiểm soát nội bộ theo Thông tư 99 không nên được xây dựng chỉ để hoàn thiện hồ sơ. Đây phải là công cụ giúp doanh nghiệp phân định rõ người lập, người kiểm tra, người phê duyệt và người chịu trách nhiệm đối với từng giao dịch. Khi quy trình được thiết kế sát với hoạt động thực tế, doanh nghiệp sẽ kiểm soát tốt hơn tiền, tài sản, công nợ và dữ liệu kế toán, đồng thời hạn chế sai sót trước khi lập báo cáo tài chính.
Nếu chưa biết bắt đầu từ đâu, HC247 hỗ trợ rà soát quy trình hiện có, xác định điểm thiếu kiểm soát, xây dựng ma trận phân quyền và chuẩn hóa hệ thống kế toán phù hợp với Thông tư 99. Sau khi hoàn thiện, chúng tôi tiếp tục hướng dẫn doanh nghiệp áp dụng và cập nhật quy chế khi có thay đổi về nhân sự, mô hình hoạt động hoặc quy định pháp luật.
CÔNG TY TNHH HC247
Địa chỉ: 64/32/82 Đường 8, Phường Hiệp Bình, TP.HCM
Hotline: 0973.567.234 (Mr. May)
Email: ketoan@hc247.vn
Website: hc247.vn
